第三世达赖·索南嘉措在蒙古地区的传教活动，使蒙古地区的大多王公民众皈依了藏传佛教格鲁派。当时除了土默特首领俺答汗之外，诸如喀尔喀部的阿巴岱汗、察哈尔部的林丹汗，以及瓦喇四部等皆相继信奉了格鲁派。特别是索南喜措在蒙古圆寂后，俺答汗之孙苏密尔适得一男孩，被奉为索南嘉措的转世灵童，于1592年又得到拉萨三大寺的正式认定，成为第四世达赖喇嘛，取名为云丹嘉措，随后被迎请到拉萨哲蚌寺。由此使蒙古地区与藏传佛教格鲁派的关系更加紧密。(五台山)

    1604年，西藏的另一位高僧、觉囊派的多罗那他赴蒙古地区长期传教，留下了极其深远的影响。他在蒙古地区传教长达30多年，深受喀尔喀部的崇敬。多罗那他于1634年在库伦去世。随后，阿巴岱汗之孙土谢图汗适得一子，被确认为多罗那他的转世灵童。(五台山)1649年，这位灵童进藏在布达拉宫谒见第五世达赖，并受法戒。(五台山)当他于1651年返回蒙古时，第五世达赖命其改信格鲁派，授以“哲布尊丹巴”这一大活佛尊号，并派随从六百多名僧侣和各类技工，意在蒙古地区建寺造庙，弘扬格鲁派。正如“第一代哲布尊丹巴温都尔格根，在库伦着手营建七达兹安寺院。……自营建库伦七院寺后，格根于每年巡行各部外，必以若干时月停驻库伦。(五台山)库伦遂成为哲布尊丹巴呼毕勒罕坐休处。”(《外蒙政教制度考》第348页，台湾中央研究院近代史研究所专刊第5号)后来历代哲布尊丹巴不仅被奉为蒙古地区最大的活佛或宗教领袖，同时也成为清代格鲁派四大活佛转世系统之一。(五台山)

      总之，历代哲布尊丹巴以库伦为其宗教活动中心，大力弘扬格鲁派，从而使藏传佛教在蒙古地区得到广泛传播和发展。(五台山)