西藏的“政教合一”制度，是一种由僧侣主持管理一切政教事务的地方政权体制。实际上，它是在特定的历史时期与地理环境中产生的一种社会文化现象。1269年，元世祖忽必烈册封萨迦派八思巴为“大宝法王”，并将西藏13万户的教政大权赏赐给八思巴。从此，西藏的“政教合一”制度开始形成。萨迦派法王在元朝中央政府的直接领导下，主持西藏地方政教事务近百年之久。为西藏后来的“政教合一”打下了基础。
    14世纪，由朗氏家族主持的帕主噶举在明朝中央政府的支持下，建立新的西藏地方政权，即帕主第悉政权，代替萨迦派掌管西藏政教大权，并设立“宗本”制度，拟定《法典十五条》等法规，使“政教合一”制度初具规模。
    15世纪，格鲁派产生并很快兴起，特别是第五世达赖喇嘛在哲蚌寺建立“噶丹颇章”政权，并沿袭帕主时期的第悉(第巴)制度。不久，五世达赖喇嘛又受到清朝政府的册封，由顺治帝赐以十五叶汉、蒙、藏3种文字对照的金册，册封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇坦喇达赖喇嘛”。并颁发四体合璧之金印。从此，达赖喇嘛的封号正式确定，格鲁派在西藏开始掌握实权。
    1721年，清朝政府将西藏地方政权中总揽大权的第巴职位撤销，初设噶伦职位。后叉封立郡王制。1750年，清朝政府废除郡王制，正式授权七世达赖喇嘛，建立西藏地方政府，即所谓“噶厦政府”，由达赖喇嘛亲自领导噶厦政府，管理西藏的一切事务。从此，西藏地方的“政教合一制度”进入更加巩固完善的新时期。
    噶厦政府内设噶伦4人，即l僧3俗，以僧官为首席噶伦，均为三品官。他们以合议方式秉承驻藏大臣、达赖喇嘛之命综理西藏地方政治、经济、文化、司法、军务等重要事务，处理事务均在噶厦府共商行使，每位噶伦没有个人负责或分管部门的权力。在一般情况下，噶伦职位无任期，实行终身制。在特殊时期还可增设代理或助理噶伦数人，他们主要协助噶伦处理日常事务。
    噶厦政府下设两个并列的主要机构，即仔康和译仓。
    仔康，是藏文nsis—KHANg的音译，意为审计部，仔康内设仔本4人，均为四品官职；仔康直接受噶厦政府的领导，负责管理俗官的委派、调遣与训练等一切事务，此外还掌管各地差税和噶厦政府直属各财政收支等事务。
    译仓，是藏文yi—shang的音译．意为秘书部。该机构虽属噶厦政府，但在体制上属于布达拉宫的僧官系统．可直接受达赖喇嘛或摄政王的领导，其实权远远高于仔康。译仓除了日常事务诸如负责管理僧官的委派、调遣与训练等一切事务，以及掌管各地寺院和僧尼包括他们的争执案件等事务外，还保管或处理达赖喇嘛的印章或信件，特别是噶厦政府的一切公文命令等都必须经过译仓盖章后才能生效执行。因
此，译仓在噶厦政府中有着特殊的地位。译仓内设4名仲译钦莫，意即大秘书长，均为僧官，是四品官职，而且都有资格成为将来僧官噶伦的候选人。
    在噶厦政府中除了仔康和译仓两个主要职能部门外，还设有l0多个下属部门，各个部门藏语称“勒昆”(1as—khuns)．即办事机构。诸如喇恰勒昆(相当于政府的财政总局)、阿比勒昆(相当于建设主管部门)、索南勒昆(相当于农业局)、曼孜康(相当于医学院)，等等。这些不同的办事机构或政府部门，分别管理或处理各种具体的事务，每个机构或部门的负责人由僧俗官员共同担任，均为四品官。
  此外，噶厦政府在西藏各行政区域又设立基恰(公署)和宗(县)二级行政机构。基恰相当于现在的专区行署。当时噶厦政府在西藏地区就设有昌都、黑河、山南、阿里、亚东、工布等基恰。每个基恰公署里任命僧俗官员各1人为基恰(即专员)，都是四品官，职权是监督和指挥各宗(县)政府的切行政事务。
    宗，相当于现今的县一级的政府部门。当时噶厦政府在西藏地区设有一百多个宗。每个宗府内任命1至2人宗本(即县长)，他们在上级基恰(专员)的领导下，负责管理宗内的行政、司法、粮赋、税收、差役、推派等一切事务。在宗以下还建立溪卡(即庄园)等基层组织。在此不一一赘述。
    值得提出的是，1757年第七世达赖喇嘛逝世，清朝乾隆皇帝为稳定西藏地方政局。设立“摄政王”职位，并任命当时年仅35岁的丹吉林寺第六世活佛第穆阿旺降白德勒嘉措为第一任摄政王。摄政王的任期是从上一世达赖逝世至下一世达赖年满18岁亲政为止。在此期间由摄政王代理达赖喇嘛的职权，负责管理西藏地方的政教事务，摄政王的人选也有严格的规定或条件：即必须从甘丹寺赤巴(法座)或四大林(寺)活佛，即功德林(寺)济咙活佛，策墨林(寺)策墨林活佛、丹吉林(寺)第穆活佛，锡德林(寺)热振活佛当中遵选任命。噶厦政府中设立“摄政王”这一特殊惯例或制度，直至西藏“政教合一”制度彻底除掉时才终止。
   总之，清代西藏地方的政教合一体制通过以噶厦政府的组织机构等来充分体现，而噶厦政府是一个由僧俗官员共同执政，并以达赖喇嘛为首的僧官为轴心的政教合一的特殊的地方政府。