三论宗所依据的经是《大品般若经》，所依据的论是《中论》、《百论》、《十二门论》，其学说的源流可以从这些经论中找出。三论宗把人的思维、语言文字称为“教”、“能表”、“名”、“假名”等，把据称不依赖人的意识而独立存在的本体实在称为“理”、“所表”、“体”、“境”、“实”等。本宗认为，思维语言是以分别有无是非差别性为特点，并不能正确反映无任何差别性的客观实在。吉藏在《大乘玄义》（五台山）中说：“能表是有无，所表非有无”，“文言终不得理”。三论宗的主要理论“二谛说”和“八不中道说”，正是在这种不可知论的方法论指导下建立起来的（五台山）。
    “谛”是佛教的传统说法，“谛”指真实不虚之理．“二谛”即两种真理，具体指“真谛”(也称第一义谛，胜义谛等)和“俗谛”(也称世谛，世俗谛等)。“=谛”在印度佛教中有过讨论，在南北朝时也是热门话题，观点甚多。三论宗则别立名目予以论述，形成自己的理论。吉藏承袭法朗的说法．把“二谛”分为“于谛”和“教谛”。吉藏的《二谛义》谓：“诸法性空，世间颠倒谓有，于世人为实，名之为谛；诸贤圣真知颠倒性空，于圣人为实，名之为谛，此即二于谛（五台山），诸佛依此(按，二于谛)而说，名为教谛”。从本质上说，“=谛”属于言教，是假名，是一种方便施设，达不到绝对真理的认识。所以，人们对“=谛”也不能执著，这是不要人们把是非得失看得太重。同时，这种“二谛”之说又有调和矛盾的作用，它承认众生的各种认识．圣贤的各种说法，以及佛的言教也都具有一定的真理性。因为，诸佛所说的法(“教谛”)也是依据众生和贤圣的认识(“二于谛”)讲的（五台山）。
    “八不中道”是三论宗依据《中论》中讲的八不法门而建立的。《中论·观因缘品》载：“不生亦不灭，不常亦不断，不一亦不异，不来亦不去”（五台山）。这是印度佛教中观派对世界和人生所作的概要说明，指一切现象或事物都由因缘聚散而有生灭，实际上是无生无灭。如果认为有生或有灭，则是偏执于某个极端。吉藏在注解《中论》时对”八不”给予高度评价，认为它是“正观之旨归，方等之心骨；正佛法之偏正，示得失之根源”．“八不即是中道”。（五台山）根据他的详细解释，诸法实相是远离生灭、一异、断常、来去等范畴的。离开两边就是显示了“中”，“八不中道”即论证了“中道实相”。这是用双重否定的破执方法说明本体不可知，不可思议，目的是要求在践行方面做到心“无所得”，没有执著（五台山）。