境内佛教的组织，以寺庙为单位。寺庙各自为政，有青、黄庙之分。魏隋唐宅诸代，所有寺庙均住和尚。元时，传入喇嘛教，但地盘很小。明永乐年间，黄教祖师宗喀巴的弟子降全曲尔计寸受诏入京后，来五台山弘扬黄教佛法，始有青庙改为黄庙。清朝统治者最初接触到的佛教，是西藏地区所传的喇嘛教。喇嘛僧与清世祖、清圣祖素有往来，并受到礼遇。顺治十二年(1655年)，清世祖派嘛喇僧住五台山，黄庙便日益增多。后来，清圣祖敕令将五台山罗睺寺、寿宁寺、三泉寺、玉花池、七佛寺、金刚窟、善财洞、曾庵寺、台麓寺、涌泉寺等十座青庙改为黄庙，青衣僧随之改为黄衣僧，汉喇嘛也便由此产生。此，直到民国和中华人民共和国成立以后，境内佛教皆由青庙和黄庙构成。
    一、黄庙：亦称喇嘛庙，所住黄衣僧，亦称喇嘛，喇嘛有汉喇嘛、藏喇嘛、也有少数满族喇嘛。喇嘛所奉之黄教，为喇嘛教之一派，亦称格鲁派。境内黄庙多由青庙子孙庙转化而来，故多带子孙庙性质，唯广仁寺由黄庙罗睺寺派生而出，系罗唤寺属庙，专事接送蒙藏僧侣，遂成十方丛林。广宗寺号属十方性质，但目下无僧住持。现存黄庙16处。
   二、青庙：亦称和尚庙，所住青衣僧，亦称和尚。和尚大部分为汉族，少数为蒙族。寺庙之中，又有子孙、十方之分。
    1、十方庙：十方者，东、南、西、北、上、下以及东南、西南、东北、西北之谓也。十方庙可以接纳四处来僧，在寺僧人也可以十方出游。这种佰人，亦称游方僧，一生以参禅、游访为业。十方庙内部实行选贤制，无论何时，何处来僧，只要接过法，有传法能力，就可以担任方丈和街，在寺中掌权。境内十方庙，与全国佛寺“两序”制度同巽相杂。方丈和尚由上代和尚推选委任，其它执事由方丈和尚指定担任。方丈之下，有四大班首，八大执事。四大班首为首座、西堂、后堂和堂主。首座亦称“上座”、“第一座”、  “禅头”，是寺院三纲之一，意为居席之首端，处众僧之上，可以代方丈和尚处理一切寺务。

        西堂、后堂和堂主，名位与首座相仿，但不负具体职责，往往为资格老、阅历深的长者所估。八大执事是：都监、监院、副寺、衣钵、维那、知客、典座、僧值。监院亦称“监寺"”、“院主”、“主首”，在方丈之下总掌一寺事务，具有实际权力。唐代后期增设之“都寺”，郎都监，位居监院之上，但往往徒有其名。副寺是监院的助手，掌管财务，亦称“库头”、“知库”、“柜头”。衣钵掌管衣钵，用度，知客主办待宾礼仪，典座负责饮食床座。维那不同一般，意为统摄，是寺院三纲之一，不仅主持殿堂经诵，而且主掌僧众进退。僧值位低权重，负有执行寺院规章、检查僧众戒行之责。中华人民共和国成立以后，游方僧日渐减少。经十年动乱进入八十年代，僧人多定居，十方丛林未见繁衍。境内青庙之十方庙，现有五台山碧山寺、古佛寺、望海寺、普济寺(南台)、法雷寺、灵应寺(北台)、演教寺等七处。普济寺、法雷寺，灵应寺、演教寺四处，殿堂僧合已不多，亦无僧佳寺。五台山古佛寺虽然殿堂佰舍俱在，目下仍无僧尼。望海寺殿堂己无，只有满族僧人本如住寺。繁盛者是五台山碧山寺，现住汉族佰人18名，静如为住持。
    2、子孙庙：实行家传制，寺内僧侣，亦称家传僧，存在着师徒关系。外寺僧人，不得在本寺担任执事。内部机构，同十方庙相仿，只是简单得多。方丈和监院亦称当家的，方丈之下，有殿主、维那、知客、库头等扰事，分别负责殿堂、经诵、待客、财务等事项。小庙僧少，执事遂简，有的只有佳持一人统掌一切寺务。中华人民共和国成立以后，随着社会制度的根本变革和经济结构的根本改动，子孙庙的特点已不明显，同十方庙的区别亦显见缩小。境内现有子孙庙22处。
   三、寺庙之间的关系：寺庙虽然各自为政，但存在主从关系。这种关系，一种只表现在宗派上，如五台山南山寺同其所属五台山龙泉寺。一种只表现在人事上，如五台山菩萨顶同其所属五台山七佛寺。另一种表现在人事上，又表现在经济上，如五台山塔院寺同其所属五台山万佛阁。这种由分教到集中的结构状况已经产生，民国以来依然存在，民国后期愈演愈烈，中华人民共和国成立后旣见松弛，进入八十年代已不复存在。